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Infos pratiques

Pôle
Biologie médicale
Service
Bactériologie, virologie et hygiène hospitalière
Demande de renseignements
02.47.47.80.57
Fax
02.47.47.38.12
Localisation
Bretonneau, B2A, 1er étage
Chef de pôle
Pr MEREGHETTI Laurent - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier
Chef de service
Pr BARIN Francis - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier
Cadre supérieur de santé
Mme LAHAY Christine
Cadre de santé
Mme ARTH Sabrina

L'équipe

Responsable de l’unité : Pr BARIN Francis – Professeur des Universités – Praticien Hospitalier – francis.barin@univ-tours.fr

Présentation

Centre National de Référence du VIH – (CNR VIH) du CHRU de Tours

De 2002 à 2016, le Centre National de Référence du VIH (CNR VIH) a été constitué de 4 puis 5 laboratoires apportant des compétences complémentaires.

Le laboratoire coordonnateur était situé au CHRU Bretonneau, Tours (responsable : Pr F Barin), et les 4 laboratoires associés se trouvaient :

  • à l’Hôpital Bichat-Claude Bernard, APHP, Paris (responsable : Pr F Brun-Vézinet/ Pr Diane Descamps),
  • à l’Hôpital St-Louis, Paris (responsable : Dr ML Chaix),
  • au CHU Ch Nicolle, Rouen (Pr JC Plantier),
  • et à l’Institut National de la Transfusion Sanguine (INTS), Paris (Dr S Laperche).

Pour la période 2017-2021, le CNR VIH est désormais composé de 3 laboratoires.

  • Le laboratoire coordonnateur est situé à l’APHP (Dr ML Chaix, Laboratoire de Virologie, Hôpital St-Louis, associé au laboratoire de Virologie de l’Hôpital Bichat-Claude Bernard).
  • Les deux autres laboratoires associés sont situés :
  • au CHU de Tours (Pr F Barin) et au CHU de Rouen (Pr JC Plantier). Le laboratoire de Virologie de l’INTS est désormais en charge du CNR « Risques Infectieux Transfusionnels ».

Du fait de leurs compétences acquises depuis désormais bon nombre d’années dans le domaine du diagnostic des infections rétrovirales, l’ensemble des laboratoires du CNR offrent leurs services en tant que soutien pour tout laboratoire, national ou étranger, en cas de diagnostic difficile d’infection à VIH. Chaque laboratoire, coordonnateur ou associé, dispose d’un large panel d’outils sérologiques et moléculaires permettant de résoudre les difficultés diagnostiques.

Pour ce qui concerne les activités spécifiques, le laboratoire coordonnateur de l’Hôpital St-Louis est tout particulièrement impliqué dans la surveillance des virus identifiés au cours des primo-infections (résistance, diversité, identification de chaines de transmission) et le laboratoire de l’Hôpital Bichat-Claude Bernard prend en charge les aspects liés au VIH-2 et à la résistance du VIH aux antirétroviraux. Le laboratoire associé du CHU de Tours est en charge de la surveillance virologique liée à la déclaration obligatoire (DO) de séropositivité VIH et des études épidémiologiques réalisées en partenariat avec l’Institut de Veille Sanitaire (InVS). Le laboratoire associé du CHU de Rouen développe les aspects liés aux infections par les variants rares du VIH-1 (groupes O, N, P) et aux formes recombinantes intra- et inter-groupes.

QUELS SONT LES OBJECTIFS ?

Connaître le nombre et les caractéristiques des personnes découvrant leur séropositivité VIH, en suivre l’évolution, et fournir des données permettant d’estimer le nombre de nouvelles contaminations, c’est-à-dire l’incidence du VIH.

QUI DOIT DÉCLARER ?

  • Tout biologiste qui diagnostique une infection par le VIH, pour la première fois dans son laboratoire (même si la personne a pu avoir auparavant une sérologie positive dans un autre laboratoire).
  • Tout médecin ayant prescrit une sérologie ayant donné lieu à un diagnostic d’infection VIH, ou prenant en charge une personne dont la séropositivité vient d’être découverte.

COMMENT DÉCLARER ?

Cette notification, mise en place en 2003, est initiée par les biologistes qui doivent déclarer en créant un code d’anonymat toute personne dont la sérologie VIH est confirmée positive pour la première fois pour leur laboratoire. Les informations cliniques et épidémiologiques sont complétées par le médecin prescripteur du test (ou en l’absence de prescription, par le médecin prenant en charge le patient) (cf. définition de cas ci-dessous). Le circuit initial des notifications repose(ait) sur des feuillets papiers adressés aux médecins des Agences régionales de santé (ARS) qui les transmettent(aient) ensuite à l’InVS. 

Les notifications sont signalées en ligne sur le site e-do (https://e-do.santepubliquefrance.fr/teleDO). 

Les doublons (plusieurs déclarations pour une même personne) sont détectés à l’InVS grâce au code d’anonymat, ce qui permet de ne pas les compter comme de nouveaux cas mais de compléter la notification initiale.

Depuis le 1er avril 2016, la déclaration se fait en ligne via l’application e-do (http://www.e-do.fr/). Les modalités de déclaration sont donc différentes du circuit papier. Les biologistes n’ont plus à transmettre de feuillet de notification au clinicien. Chaque co-déclarant (clinicien et biologiste) fait une déclaration de manière indépendante dans l’application e-do. Dans le cadre de la surveillance virologique, les biologistes transmettent comme auparavant au CNR VIH un échantillon de sérum ou plasma su buvard, accompagné du formulaire imprimé à partir de l’application é-do.

INFORMATION AUX PERSONNES

En application de la loi informatique et libertés, chaque personne dont la maladie est déclarée doit être informée individuellement par son médecin. Cette information porte sur la finalité de la notification, les informations transmises, les garanties de protections de l’anonymat et le droit d’accès et de rectification de la personne aux données qui la concernent. Deux fiches d’information reprenant ces points sont disponibles sur le site de Santé Publique France (SPF), l’une pour le VIH, l’autre pour le sida. Pour en savoir plus, vous pouvez consulter la rubrique dédiée au dispositif de surveillance des maladies à déclaration obligatoire.

MATÉRIEL

1) Circuit papier :

  • Logiciel d’anonymisation disponible sur simple demande auprès de SPF.
  • Fiches de notification du VIH sous forme de liasses autocopiantes, disponibles auprès de l’ARS du lieu d’exercice du déclarant. Il existe 2 fiches différentes, l’une pour les enfants de moins de 15 ans, l’autre pour les adolescents et les adultes de 15 ans et plus.
  • Fiche d’information sur la déclaration VIH, pour le patient.
  • Fiche d’information sur les maladies à déclaration obligatoires, pour le patient.

2) e-do:

  • Se connecter sur le site http://www.e-do.fr/. Pour cela il faut disposer d’une carte CPS (Carte de Professionnel de Santé) et d’un lecteur de carte. Les pré-requis techniques pour accéder à l’application sont disponibles sur ce site. 

3) Surveillance virologique :

  • Buvards,sachets et enveloppe pré-affranchie disponibles auprès de l’ARS du lieu d’exercice du déclarant.
  • Matériel pour surveillance virologique : buvards, sachets et enveloppe T pré-affranchie.

À partir du 2 janvier 2020, les modalités de commande du matériel nécessaire à la surveillance (buvards, sachets plastiques et enveloppes T pré-adressées) changent. La commande se fait désormais en ligne sur : http://moncouponlibre.santepubliquefrance.fr/.

  • Lors de la première commande, le biologiste crée son compte, puis le valide.
  • Pour chaque commande le biologiste se connecte au lien ci-dessus, s’identifie, indique le « code produit » du matériel à commander (disponible sur le formulaire de déclaration en ligne ou sur demande ici), et la quantité souhaitée.
    Ces commandes de kits sont strictement réservées aux biologistes qui réalisent des déclarations obligatoires d’infection à VIH et qui participent à la surveillance virologique.

COMMENT DÉPOSER LES ÉCHANTILLONS DE SÉRUM OU PLASMA POUR LA SURVEILLANCE VIROLOGIQUE ?

  • Poser le buvard sur papier type aluminium pour protéger la paillasse.
  • Déposer 20 µl de sérum ou plasma dans chacun des 6 cercles imprimés sur le buvard préalablement identifié (n° anonymat).
  • Mettre le buvard à la verticale dans une entaille de support type polystyrène et laisser sécher 1 h à température ambiante.
  • Une fois sec, mettre chaque buvard dans un sachet plastique et l’adresser au CNR dans l’enveloppe pré-affranchie fournie par l’ARS.

Circuit de la surveillance virologique liée à la déclaration obligatoire de séropositivité VIH.

Protocoles de réalisation et interprétation des tests de détermination génotypique de la résistance aux antirétroviraux (génotypage de résistance) consultables sur le site du groupe résistance AC11 de l’ANRS : www.hivfrenchresistance.org.

CONTRÔLE QUALITÉ

Depuis 2008 le laboratoire de l’hôpital Bichat-Claude Bernard, sous l’égide de l’InVS, réalise un contrôle national de détermination de la résistance génotypique aux antirétroviraux. La méthodologie et l’analyse sont effectuées en collaboration avec l’INSERM U943 (L Assoumou, D Costagliola, INSERM UMR1136). Le contrôle de qualité est composé d’un panel comportant 4 surnageants de culture de souches virales.

L’analyse concerne les paramètres suivants :

  1. Amplification : Pourcentage de centres avec une amplification positive établie. Les échantillons non amplifiés ne sont pas pris en compte dans l’analyse.
  2. Reproductibilité : Pourcentage de centres ayant donné le même résultat pour les échantillons doublons.
  3. Sensibilité : proportion de positions étudiées trouvées mutées parmi les positions réellement mutées.
  4. Spécificité : Proportion de positions étudiées trouvées sauvages parmi les positions réellement sauvages.

Les résultats du contrôle qualité 2015 sont consultables dans le document intitulé CQ2018 VF.pdf.

La liste des mutations de résistance actualisée en 2017 est consultable dans le document intitulé update IAS USA resistance 2019.pdf.

  • 2019 Update of the Drug Resistance Mutations in HIV-1. Wensing AM et al. Top Antivir Med 27 (3), 111-121 , 2019.

Ces  documents sont téléchargeables dans le bloc  » Documents  » en haut à droite de la page.

VIH-2 

 Du fait du pouvoir pathogène plus faible du VIH de type 2 comparé à celui du VIH-1, l’infection à VIH-2 se caractérise par une progression clinique lente, une moindre transmissibilité, un maintien prolongé des lymphocytes CD4 et une détection d’ARN viral plasmatique positive chez seulement environ la moitié des patients et à des titres faibles. En France, environ 2% des patients infectés par le VIH sont porteurs du VIH-2, et environ 0.1% sont co-infectés (VIH-1 et VIH-2). Le pouvoir pathogène plus faible du VIH-2 et sa sensibilité différente aux antirétroviraux justifient de réaliser un typage sérologique spécifique lors de la découverte d’une séropositivité VIH.

Afin de mieux comprendre l’infection à VIH-2, une cohorte nationale prospective multicentrique a été mise en place en France sous l’égide de l’ANRS depuis 1994. Au 31/12/2012, cette cohorte est composée d’environ 900 patients pour lesquels une biothèque (cellulothèque et plasmathèque) est réalisée tous les 6 mois. Des études virologiques et immunologiques satellites y sont menées, permettant de préciser les mécanismes de résistance et les facteurs prédictifs de la progression clinique.

Les tests commercialisés de détermination de la charge virale plasmatique du VIH ne sont pas adaptés au VIH-2. Le laboratoire associé de l’hôpital Bichat-Claude Bernard a développé des tests spécifiques de mesure de la charge virale VIH-2 et peut donc être sollicité pour réaliser cet examen (cf tableau des tests réalisés au CNR du VIH).

Bibliographie

Généralités, ÉpidémiologieDiagnosticTraitement
  • Barin F et coll. Prevalence of HIV-2 and HIV-1 group O infections among new HIV diagnoses in France : 2003-2006. AIDS 2007, 21 : 2351-2353.
  • Burgard M et coll. Mother-to-child transmission of HIV-2 infection from 1986 to 2007 in the ANRS French périnatal cohort EPF-CO1. Clin Infect Dis 2010, 51 : 833-843.
  • Drylewicz J et coll. Comparison of viro-immunological marker changes between HIV-1 and HIV-2-infected patients. AIDS 2008, 22 : 457-468.
  • Matheron S et coll. Factors associated with clinical progression in HIV-2 infected-patients : the French ANRS cohort. AIDS 2003, 17 : 2593-2601.
  • Thiebaut R et coll. Long-term nonprogressors and elite controllers in the ANRS CO5 HIV-2 cohort. AIDS 2011, 25 : 865-867.
  • Damond F et coll. An international collaboration to standardize HIV-2 viral load assays : results from the 2009 ACHIEV2E  quality control study. J Clin Microbiol 2011, 49(10) : 3491-3497.
  • Gueudin M et coll. Differences in proviral DNA load between HIV-1- and HIV-2-infected patients. AIDS 2008, 22 : 211-215.
  • Visseaux B et coll. Molecular determinants of HIV-2 R5-X4 tropism in the V3 loop : development of a new genotypic tool. J infect Dis 2012, 205 : 111-120.
  • Avettand-Fenoel V et coll. New sensitive one-step real-time duplex PCR method for group A and B HIV-2 RNA load. J Clin Microbiol 2014; 52:3017–3022.
  • Bertine et coll. New Highly Sensitive Real-Time PCR Assay for HIV-2 Group A and Group B DNA Quantification. J Clin Microbiol. 2017 Sep;55(9):2850-2857.
  • Benard A et coll. Immunovirological response to triple nucleoside reverse-transcriptase inhibitors and ritonavir-boosted protease inhibitors in treatment-naive HIV-2-infected patients : the ACHIEV2E collaboration study group. Clin Infect Dis 2011, 52(10) : 1257-1266.
  • Charpentier C et coll. HIV-2EU : supporting standardized HIV-2 drug resistance interpretation in Europe. Clin Infect Dis 2013, 56(11) : 1654-1658.
  • Charpentier C et coll. Transmitted drug resistance in French HIV-2-infected patients. AIDS 2013, 27 : 1671-1674.
  • Matheron S et coll. CD4 cell recovery in treated HIV-2-infected adults is lower than  expected : results from the French ANRS CO5 HIV-2 cohort. AIDS 2006, 20 : 459-462.
  • Charpentier C et coll. Genotypic resistance profiles of HIV-2-treated patients in West Africa. AIDS 2014; 28 :1161–1169
  • Charpentier C et coll. HIV-2EU-Supporting Standardized HIV-2 Drug-Resistance Interpretation in Europe: An Update. Clin Infect Dis 2015;61:1346–1347.
  • Descamps D et coll.  Dolutegravir in HIV-2 infected patients with resistant virus to first-line integrase inhibitors from the French Named Patient Program. Clin Infect Dis 2015;60(10):1521-7.
  • Visseaux B et coll. Cenicriviroc, a Novel CCR5 (R5) and CCR2 Antagonist, Shows In Vitro Activity against R5 Tropic HIV-2 Clinical Isolates. PLoS ONE 2015;10:e0134904.
  • Visseaux B et coll. Tropism distribution among antiretroviral-naive HIV-2-infected patients. AIDS 2015;29:2209–2212.

VIH-1 NON-M : LES GROUPES N, O, P. 

Alors que l’émergence de ces variants résulte d’évènements de transmission inter-espèces en Afrique, la circulation de ces virus n’a pas de frontières, puisque chacun d’entre eux a été détecté en France. On estime qu’environ 0.1% des patients infectés par le VIH sont porteurs du VIH-1 groupe O dans notre pays. Les variants de groupes N et P sont encore plus rares. L’ensemble de ces variants possèdent des caractéristiques antigéniques et moléculaires distinctes des virus pandémiques du groupe M, qui peuvent être à l’origine de difficultés diagnostiques, et/ou de difficultés du suivi virologique et de prise en charge thérapeutique. Bien que les tests commerciaux actuels de détermination de la charge virale plasmatique couvrent la majeure partie de la diversité génétique des VIH-1, la vigilance doit être maintenue, en particulier lors de discordances immuno-virologiques, ou lors de résultats incohérents entre le diagnostic sérologique et le suivi virologique (charge virale indétectable chez un patient naïf de traitement, ou échec lors de l’amplification génique des régions cibles des antirétroviraux).

Il n’existe pas de tests commerciaux de typage sérologique de l’infection par les VIH-1 non-M. Des outils spécifiques ont été développés par le CNR du VIH. Les différents laboratoires du CNR peuvent être sollicités pour réaliser cet examen (cf tableau des tests réalisés au CNR du VIH). A signaler que le typage sérologique spécifique est effectué systématiquement par le CNR (laboratoire associé, CHU de Tours) dans le cadre de la surveillance virologique liée à la déclaration obligatoire (DO) de séropositivité VIH, et que l’information d’infection par un variant rare est alors signalée au laboratoire ayant fait la DO.

Il est recommandé d’effectuer le suivi de la charge virale par des trousses commerciales validées par le CNR. Le laboratoire associé du CHU de Rouen a développé des tests spécifiques de mesure de la charge virale VIH-1 du groupe O et peut donc être sollicité pour réaliser cet examen (cf tableau des tests réalisés au CNR du VIH). Il est également indispensable d’effectuer un séquençage de résistance par des outils spécifiques.

Bibliographie

Généralités, EpidémiologieDiagnosticTraitement
  • Barin et coll. Prevalence of HIV-2 and HIV-1 group O infections among new HIV diagnoses in France: 2003-2006. AIDS 2007, 21: 2351-2353.
  • Plantier JC et coll. A new human immunodeficiency virus derived from gorillas. Nat Med. 2009 Aug;15(8):871-2.
  • Vessière et coll. First evidence of a HIV-1 M/O recombinant form circulating outside Cameroon. AIDS 2010 Apr 24;24(7):1079-82.
  • Delaugerre C et coll. HIV-1 group N: travelling beyond Cameroon. Lancet. 2011 Nov 26;378(9806):1894.
  • Mourez T et coll. Non-M variants of human immunodeficiency virus type 1. Clin Microbiol Rev. 2013 Jul;26(3):448-61
  • Unal G et coll. First report of transmission of a highly resistant strain of HIV-1 group O. AIDS. 2016 Oct 23;30(16):2565-2568.
  • Gautheret-Dejean et al. Unequal detection of HIV type 1 group O infection by simple rapid tests. Clin Infect Dis. 2008 Jun 15;46(12):1936-7.
  • Depatureaux A et al. Specific diagnosis and follow-up of HIV-1 group O infection: RES-O data. Med Mal Infect. 2010 Dec;40(12):669-76.
  • Plantier JC et coll. Census and analysis of persistent false-negative results in serological diagnosis of human immunodeficiency virus type 1 group O infections. J Clin Microbiol. 2009 Sep;47(9):2906-11.
  • Gueudin M et coll. A new real-time quantitative PCR for diagnosis and monitoring of HIV-1 group O infection. J Clin Microbiol. 2012 Mar;50(3):831-6.
  • Laperche S et coll. Failures in the detection of HIV p24 antigen with the Determine HIV-1/2 Ag/Ab Combo rapid test. J Infect Dis. 2012 Dec 15;206(12):1946-7.
  • Ly TD et coll. The variable sensitivity of HIV Ag/Ab combination assays in the detection of p24Ag according to genotype could compromise the diagnosis of early HIV infection. J Clin Virol. 2012 Oct;55(2):121-7.
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  • Sire JM et coll. Comparative RNA quantification of HIV-1 group M and non-M with the Roche Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HIV-1 v2.0 and Abbott Real-Time HIV-1 PCR assays. J Acquir Immune Defic Syndr. 2011 Mar 1;56(3):239-43.
  • Mourez T et coll. Comparison of the bioMérieux NucliSENS EasyQ HIV-1 v2.0-HIV-1 RNA quantification assay versus Abbott RealTime HIV-1 and Roche Cobas TaqMan HIV-1 v2.0 on current epidemic HIV-1 variants. J Clin Virol. 2015 Oct;71:76-81.
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  • Depatureaux A et coll.  Raltegravir-based regimens are effective in HIV-1 group O-infected patients. J Acquir Immune Defic Syndr. 2012 Sep 1;61(1):e1-3.
  • Alessandri-Gradt E et coll. HIV-1 group O resistance pathway with raltegravir is similar to HIV-1 group M. AIDS. 2015 Jun 19;29(10):1271-3.
  • Alessandri-Gradt E et coll. HIV-1 non-group M phenotypic susceptibility to integrase strand transfer inhibitors. J Antimicrob Chemother. 2017 Sep 1;72(9):2431-2437.

Une surveillance annuelle de la transmission de virus résistants aux antirétroviraux a été instaurée en France sous l’égide de l’ANRS depuis 1996. ML Chaix (laboratoire coordonateur, Hôpital St Louis) coordonne la surveillance de la résistance transmise en colligeant les données issues d’une part de la cohorte PRIMO ANRS CO06 et d’autre part des laboratoires de virologie du réseau AC11-ANRS où les virologues identifient les patients au moment de leur primoinfection VIH mais non inclus dans la cohorte.Tous les patients sont inclus dans les 6 mois suivant leur contamination. En parallèle à la surveillance de la résistance transmise, les données contribuent à la surveillance épidémiologique des virus isolés au moment de la primo-infection en terme de diversité génétique et de foyers de transmission (clusters).

Pour inclure des patients dans cette surveillance, il est nécessaire de s’assurer que la primoinfection VIH-1 date de moins de 6 mois (antécédent de sérologie négative datant de moins de 6 mois ou ARN VIH positif isolé, ou profil de western blot incomplet).

Depuis 2014, l’équipe de Dominique Costagliola (Maxime Grude et Lambert Assoumou, INSERM UMR1136) a créé une base de données informatique avec un eCRF. Deux volets sont à remplir, d’une part une fiche clinique (cf modèle joint) et d’autre part une page où implémenter les séquences nucléotidiques et acides aminés des gènes de de la réverse transcriptase, de la protéase et de l’intégrase. Il est également possible de rentrer les résultats de sous-type et de tropisme. Tous les patients sont inclus via cet e-CRF qu’ils soient ou pas inclus dans la cohorte PRIMO. Cela facilite le travail pour les virologues du groupe. Ce travail reposant sur le volontariat des virologues, tous les 3 mois, un message leur est envoyé pour leur donner l’état d’avancement des inclusions et leur rappeler d’envoyer la fiche clinique et les séquences en temps réel dès qu’une primo-infection est détectée.

Il serait souhaitable de renforcer au plan national la surveillance des caractéristiques moléculaires des souches récemment transmises (représentatives des souches impliquées dans la dynamique de l’épidémie) en nous appuyant sur les données de l’AC11 ANRS mais également sur les données de la DO. Pour cela, il faudrait que lorsque le CNR de Tours identifie une infection récente (< 3 mois), il prévienne le biologiste qui a envoyé le buvard et lui demande de faire l’inclusion de ce patient dans l’étude PRIMO ANRS. Une telle modification devra recueillir l’avis du Comité de pilotage de la DO.

Si un biologiste n’est pas dans le réseau ANRS et ne dispose pas d’accès à l’eCRF, il est proposé de contacter Marie-Laure Chaix ().

PANEL « RÉSISTANCE AUX ARV »

Ce panel regroupe une collection de souches VIH-1 et VIH-2 résistantes aux antirétroviraux avec détermination des caractéristiques génotypiques (sous type viral, mutations de résistance et tropisme viral).

Les souches sont disponibles sur demande auprès de D Descamps (laboratoire associé, Hôpital Bichat – Claude Bernard) après évaluation de la pertinence scientifique. Les souches, sous la forme de surnageants de culture, sont transférées par une société spécialisée dans le transport de produits biologiques après établissement d’un devis.

PANEL « DIVERSITÉ »

Ce panel regroupe une collection de souches de VIH-1 de différents groupes (N, O et P) et de différents sous-types au sein du groupe M.

Les souches sont disponibles sur demande auprès de JC Plantier (laboratoire associé, CHU de Rouen) après évaluation de la pertinence scientifique. Les souches, sous la forme de surnageants de culture, sont transférées par une société spécialisée dans le transport de produits biologiques après établissement d’un devis.