Surveillance et caractérisation des virus

Une surveillance annuelle de la transmission de virus résistants aux antirétroviraux a été instaurée en France sous l’égide de l’ANRS depuis 1996. ML Chaix (laboratoire coordonateur, Hôpital St Louis) coordonne la surveillance de la résistance transmise en colligeant les données issues d’une part de la cohorte PRIMO ANRS CO06 et d’autre part des laboratoires de virologie du réseau AC11-ANRS où les virologues identifient les patients au moment de leur primoinfection VIH mais non inclus dans la cohorte.Tous les patients sont inclus dans les 6 mois suivant leur contamination. En parallèle à la surveillance de la résistance transmise, les données contribuent à la surveillance épidémiologique des virus isolés au moment de la primo-infection en terme de diversité génétique et de foyers de transmission (clusters).

Pour inclure des patients dans cette surveillance, il est nécessaire de s’assurer que la primoinfection VIH-1 date de moins de 6 mois (antécédent de sérologie négative datant de moins de 6 mois ou ARN VIH positif isolé, ou profil de western blot incomplet).

Depuis 2014, l’équipe de Dominique Costagliola (Maxime Grude et Lambert Assoumou, INSERM UMR1136) a créé une base de données informatique avec un eCRF. Deux volets sont à remplir, d’une part une fiche clinique (cf modèle joint) et d’autre part une page où implémenter les séquences nucléotidiques et acides aminés des gènes de de la réverse transcriptase, de la protéase et de l’intégrase. Il est également possible de rentrer les résultats de sous-type et de tropisme. Tous les patients sont inclus via cet e-CRF qu’ils soient ou pas inclus dans la cohorte PRIMO. Cela facilite le travail pour les virologues du groupe. Ce travail reposant sur le volontariat des virologues, tous les 3 mois, un message leur est envoyé pour leur donner l’état d’avancement des inclusions et leur rappeler d’envoyer la fiche clinique et les séquences en temps réel dès qu’une primo-infection est détectée.

Il serait souhaitable de renforcer au plan national la surveillance des caractéristiques moléculaires des souches récemment transmises (représentatives des souches impliquées dans la dynamique de l’épidémie) en nous appuyant sur les données de l’AC11 ANRS mais également sur les données de la DO. Pour cela, il faudrait que lorsque le CNR de Tours identifie une infection récente (< 3 mois), il prévienne le biologiste qui a envoyé le buvard et lui demande de faire l’inclusion de ce patient dans l’étude PRIMO ANRS. Une telle modification devra recueillir l’avis du Comité de pilotage de la DO.

Si un biologiste n’est pas dans le réseau ANRS et ne dispose pas d’accès à l’eCRF, il est proposé de contacter Marie-Laure Chaix (marie-laure.chaix@aphp.fr).

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